劇情簡介
Synopsis新幹線超進化研究所為了從誕生於“漆黑新幹線”的巨大怪物體手中守護日本的未來，人們開發了“新幹線變形機器人SHINKALION”。具備與SHINKALION較高適合率的孩子們成為駕駛員，與研究所員齊心協力，面對強大的敵人！究竟“漆黑新幹線”的目的是……孩子們能否守護日本的未來……變身！SHINKALION！
分集劇情
Episodes 共 41 集
第 1 集
嶄新的出發前進!
小學五年級學生新多進，自稱是“解開世界謎題的男人”，喜歡神秘事物。那天也是聽聞了外星人的目擊情報，來到JR橫川站周邊調查。途中經過的“碓冰峠鐵道文化村”，聽到了有謎之新幹線被運來的傳言，進懷疑這與幾年前成為話題的、像幻之機器人“鐵道俠”的新幹線有關。被新的謎團吸引的進，但……？
小學五年級學生新多進，自稱是“解開世界謎題的男人”，喜歡神秘事物。那天也是聽聞了外星人的目擊情報，來到JR橫川站周邊調查。途中經過的“碓冰峠鐵道文化村”，聽到了有謎之新幹線被運來的傳言，進懷疑這與幾年前成為話題的、像幻之機器人“鐵道俠”的新幹線有關。被新的謎團吸引的進，但……？
第 2 集
Z合體!E235山手線
正式成為“新幹線戰士Z E5隼號”駕駛員的阿進，為了進行新幹線戰士的操縱模擬，再次造訪碓冰峠鐵道文化村。在那裡等待他的是，與阿進同歲卻參與著新幹線戰士改造的天才整備士·碓冰阿伯特。但是，據說阿伯特不知為何不能駕駛新幹線戰士。當阿進不經意間詢問其理由時，阿伯特表情僵硬地離開了現場……。
正式成為“新幹線戰士Z E5隼號”駕駛員的阿進，為了進行新幹線戰士的操縱模擬，再次造訪碓冰峠鐵道文化村。在那裡等待他的是，與阿進同歲卻參與著新幹線戰士改造的天才整備士·碓冰阿伯特。但是，據說阿伯特不知為何不能駕駛新幹線戰士。當阿進不經意間詢問其理由時，阿伯特表情僵硬地離開了現場……。
第 3 集
突破吧!VVVF爆破器!!
阿進等人乘坐“E6系小町號”，為了尋找阿伯特在夢中見到的盛岡站的“Z程式碼”而出發。Z程式碼被隱藏在日本全國，據說找到它們就能解除新載萊納的閉塞。為什麼Z程式碼的提示會出現在阿伯特的夢裡？為什麼要把Z程式碼隱藏在全國？阿進、阿伯特、斯瑪特一邊感到不可思議，一邊為了尋找新的載萊納、新的Z合體，在盛岡站周邊四處搜尋。
阿進等人乘坐“E6系小町號”，為了尋找阿伯特在夢中見到的盛岡站的“Z程式碼”而出發。Z程式碼被隱藏在日本全國，據說找到它們就能解除新載萊納的閉塞。為什麼Z程式碼的提示會出現在阿伯特的夢裡？為什麼要把Z程式碼隱藏在全國？阿進、阿伯特、斯瑪特一邊感到不可思議，一邊為了尋找新的載萊納、新的Z合體，在盛岡站周邊四處搜尋。
第 4 集
發射吧!花火的搖滾!!
“新幹線戰士Z E6小町號”的駕駛員·大麴花火，是一位無比熱愛搖滾的熱情少年。他的老家是製作秋田縣大麴名產煙花的煙花工廠。花火一邊追尋成為煙花師的夢想，一邊說自己也在認真對待喜歡的音樂之路和新幹線戰士駕駛員之路。但是，花火的父親·種火，並不認可同時兼顧多件想做的事的花火的生存方式。
“新幹線戰士Z E6小町號”的駕駛員·大麴花火，是一位無比熱愛搖滾的熱情少年。他的老家是製作秋田縣大麴名產煙花的煙花工廠。花火一邊追尋成為煙花師的夢想，一邊說自己也在認真對待喜歡的音樂之路和新幹線戰士駕駛員之路。但是，花火的父親·種火，並不認可同時兼顧多件想做的事的花火的生存方式。
第 5 集
守護森林!新幹線戰士Z E7光輝號
阿進等人來到位於長野縣木曾的某座山。據阿伯特說，在人跡罕至的這座深山裡，有第三位新幹線戰士駕駛員候補·戶隱大樹。但是，大樹對成為駕駛員並不積極，據說已經拒絕過一次邀請。原本住在東京，但因故移居到木曾某座山的大樹。當阿進等人歷經登山找到他時，大樹正開始在祖父手下見習山裡的工作。
阿進等人來到位於長野縣木曾的某座山。據阿伯特說，在人跡罕至的這座深山裡，有第三位新幹線戰士駕駛員候補·戶隱大樹。但是，大樹對成為駕駛員並不積極，據說已經拒絕過一次邀請。原本住在東京，但因故移居到木曾某座山的大樹。當阿進等人歷經登山找到他時，大樹正開始在祖父手下見習山裡的工作。
第 6 集
揮出吧!友情的光電熱斧!!
為了尋找新的Z程式碼，阿進等人來到長野站。阿伯特本已放棄，覺得看來無法迎接大樹成為駕駛員了。即便如此還是想再和大樹談談的阿進，拜託阿伯特等人再次去見大樹。大樹聽取了祖父·斧松的建議，為了讓阿進理解自己的堅持，決定帶阿進去森林鐵道紀念館。
為了尋找新的Z程式碼，阿進等人來到長野站。阿伯特本已放棄，覺得看來無法迎接大樹成為駕駛員了。即便如此還是想再和大樹談談的阿進，拜託阿伯特等人再次去見大樹。大樹聽取了祖父·斧松的建議，為了讓阿進理解自己的堅持，決定帶阿進去森林鐵道紀念館。
第 7 集
強襲!橫川支部防衛戰!!
新幹線戰士的整備士細川喊著“抓到妖怪了！”跑了進來。據細川所說，抓到的是能化身為人的“化狸”，但在阿進等人面前的看起來只是普通的狸貓，沒有任何證據能證明它是妖怪。此時，只有阿進一人眼睛發亮地說“要和化狸做朋友！”。那時，在新幹線戰士手下多次慘敗於巨大怪物體的瓦爾德姆，正圖謀用自己的力量襲擊橫川支部。
新幹線戰士的整備士細川喊著“抓到妖怪了！”跑了進來。據細川所說，抓到的是能化身為人的“化狸”，但在阿進等人面前的看起來只是普通的狸貓，沒有任何證據能證明它是妖怪。此時，只有阿進一人眼睛發亮地說“要和化狸做朋友！”。那時，在新幹線戰士手下多次慘敗於巨大怪物體的瓦爾德姆，正圖謀用自己的力量襲擊橫川支部。
第 8 集
集結吧!大宮支部再啟動!!
阿進和E5隼號移師大宮支部的日子臨近了。但是，阿伯特不隨行，決定留在橫川支部。無法接受的阿進和斯瑪特追問理由，阿伯特開始講述自己的家人。另一方面，在大宮支部，E5、E6、E7集結。與花火和大樹、橫川支部的工作人員一起，曾經歷過去戰鬥的新的夥伴們也齊聚一堂。此時巨大怪物體出現，大宮支部的戰鬥拉開帷幕。
阿進和E5隼號移師大宮支部的日子臨近了。但是，阿伯特不隨行，決定留在橫川支部。無法接受的阿進和斯瑪特追問理由，阿伯特開始講述自己的家人。另一方面，在大宮支部，E5、E6、E7集結。與花火和大樹、橫川支部的工作人員一起，曾經歷過去戰鬥的新的夥伴們也齊聚一堂。此時巨大怪物體出現，大宮支部的戰鬥拉開帷幕。
第 9 集
翔吧!新幹線戰士Z 800 Sonic
將突然在九州出現的巨大怪物體擊退的，是飛翔於空中的新幹線戰士，“新幹線戰士Z 800燕號”。駕駛員是中洲山東。是比阿進等人高一個年級的小學6年生，據說是智力與體力都非常優秀的駕駛員。為了尋找Z程式碼，阿進等人與山東一同探索太宰府周邊。但是，發生了嚴重的問題。山東竟然說阿進的妖怪話題“不科學”，完全不願搭理……！？
將突然在九州出現的巨大怪物體擊退的，是飛翔於空中的新幹線戰士，“新幹線戰士Z 800燕號”。駕駛員是中洲山東。是比阿進等人高一個年級的小學6年生，據說是智力與體力都非常優秀的駕駛員。為了尋找Z程式碼，阿進等人與山東一同探索太宰府周邊。但是，發生了嚴重的問題。山東竟然說阿進的妖怪話題“不科學”，完全不願搭理……！？
第 10 集
大空戰!波瀾的Z合體!!
阿進和山東的個性水火不容，似乎無論如何都無法融洽相處。山東對阿進“非科學”的話題不感興趣，阿進也對山東敬而遠之。對於為如何讓山東聽自己說話而煩惱的阿進，花火和大樹、阿伯特和斯瑪特提出了某個作戰。那是一個異想天開的作戰：讓阿進嘗試用各種調配食譜，吃他不擅長、吃不下的“御球”……？
阿進和山東的個性水火不容，似乎無論如何都無法融洽相處。山東對阿進“非科學”的話題不感興趣，阿進也對山東敬而遠之。對於為如何讓山東聽自己說話而煩惱的阿進，花火和大樹、阿伯特和斯瑪特提出了某個作戰。那是一個異想天開的作戰：讓阿進嘗試用各種調配食譜，吃他不擅長、吃不下的“御球”……？
第 11 集
初陣!新幹線戰士Z N700S希望號
阿伯特在夢中看到的名古屋，阿進等人到訪。同一時間，在超進化研究所名古屋支部，安城島風、安城長良這對兄弟正面臨決定“新幹線戰士Z N700S希望號”駕駛員的最終試驗。試驗結果是兩人都合格。但是，哥哥島風將駕駛員之位讓給了弟弟長良，自己拒絕了。長良對島風似乎逃跑了的做法感到不快。此時，巨大怪物體襲擊名古屋港……？
阿伯特在夢中看到的名古屋，阿進等人到訪。同一時間，在超進化研究所名古屋支部，安城島風、安城長良這對兄弟正面臨決定“新幹線戰士Z N700S希望號”駕駛員的最終試驗。試驗結果是兩人都合格。但是，哥哥島風將駕駛員之位讓給了弟弟長良，自己拒絕了。長良對島風似乎逃跑了的做法感到不快。此時，巨大怪物體襲擊名古屋港……？
第 12 集
秘技!雙重超級交叉合體系統
N700S希望號華麗初陣。被島風所救的長良，為了駕駛員之位，再次向島風提出空手對決。龍司作為見證人，兄弟之間用拳頭進行的交談開始了。另一方面，阿伯特在夢中看到了Z程式碼隱藏地點的進一步提示。然而那個提示，指示著一個“既是東京，也是名古屋，又是京都”的不可思議的場所。
N700S希望號華麗初陣。被島風所救的長良，為了駕駛員之位，再次向島風提出空手對決。龍司作為見證人，兄弟之間用拳頭進行的交談開始了。另一方面，阿伯特在夢中看到了Z程式碼隱藏地點的進一步提示。然而那個提示，指示著一個“既是東京，也是名古屋，又是京都”的不可思議的場所。
第 13 集
站起來Z合體!關原全力戰!!
阿伯特按照父親的設計圖製造的“新幹線戰士Z N700S希望號”和“載萊納 HC85飛彈”的Z合體測試失敗了。再這樣下去無法追上父親而焦急的阿伯特，被島帶去參觀父親曾經的工作場所。那裡是，承擔鐵路技術革新、作為先導的“鐵道綜合技術研究所”。此時，關原出現巨大怪物體。等待新幹線戰士Z的，是蒼玉設下的無數敵人。
阿伯特按照父親的設計圖製造的“新幹線戰士Z N700S希望號”和“載萊納 HC85飛彈”的Z合體測試失敗了。再這樣下去無法追上父親而焦急的阿伯特，被島帶去參觀父親曾經的工作場所。那裡是，承擔鐵路技術革新、作為先導的“鐵道綜合技術研究所”。此時，關原出現巨大怪物體。等待新幹線戰士Z的，是蒼玉設下的無數敵人。
第 14 集
斬黑!黑暗新幹線戰士!!
阿進聽聞鐵道博物館出現“謎之巨人”的傳言，與花火、大樹、阿鯰一同嘗試潛入調查。於是，他們真的發現了類似巨人的身影。為了和那個巨人成為朋友，阿進帶著阿鯰等人在鐵道博物館展開大搜查，但……？此時，以橫川支部為目標，“黑暗新幹線”來襲。沒想到“黑暗新幹線”竟然自行變形，變成了新幹線戰士Z襲擊而來！
阿進聽聞鐵道博物館出現“謎之巨人”的傳言，與花火、大樹、阿鯰一同嘗試潛入調查。於是，他們真的發現了類似巨人的身影。為了和那個巨人成為朋友，阿進帶著阿鯰等人在鐵道博物館展開大搜查，但……？此時，以橫川支部為目標，“黑暗新幹線”來襲。沒想到“黑暗新幹線”竟然自行變形，變成了新幹線戰士Z襲擊而來！
第 15 集
領袖的資格!憤怒的Z超級交叉合體
多虧阿進的靈光一閃，掌握了特奧提所瞄準的謎之結晶體“黑色晶石”所在地的線索。阿進注意到，迄今為止巨大怪物體出現的地點，都位於自古已有的街道沿線。得知此事的玄武，帶領阿進等人前往東京都內各處與街道相關的景點。玄武似乎想透過曾經存在的“萬世橋站”的事情向阿進傳達些什麼……？
多虧阿進的靈光一閃，掌握了特奧提所瞄準的謎之結晶體“黑色晶石”所在地的線索。阿進注意到，迄今為止巨大怪物體出現的地點，都位於自古已有的街道沿線。得知此事的玄武，帶領阿進等人前往東京都內各處與街道相關的景點。玄武似乎想透過曾經存在的“萬世橋站”的事情向阿進傳達些什麼……？
第 16 集
可愛降臨!新幹線戰士 Hello Kitty
在曾經的戰鬥中慘敗於新幹線戰士後，基度拉爾撒斯的蒼玉在尋找新的協助者。此時，他因某個契機決定回到故鄉的櫻島，開始了從盛岡站到鹿兒島中央站的普通列車之旅。另一方面，無精打采的阿進被花火和大樹帶出去進行溫泉旅行。途中，阿進等人遇到了車體繪有凱蒂貓的新幹線。
在曾經的戰鬥中慘敗於新幹線戰士後，基度拉爾撒斯的蒼玉在尋找新的協助者。此時，他因某個契機決定回到故鄉的櫻島，開始了從盛岡站到鹿兒島中央站的普通列車之旅。另一方面，無精打采的阿進被花火和大樹帶出去進行溫泉旅行。途中，阿進等人遇到了車體繪有凱蒂貓的新幹線。
第 17 集
閃耀吧☆新幹線戰士Z 500回聲號
阿進駕駛“新幹線戰士Z E5隼號”戰鬥的事情被姐姐阿鯰和母親時知道了。為了讓她們理解自己所做的事，阿進邀請兩人參加橫川鐵道文化村的“車輛塗裝活動”。鐵道文化村裡，花火和大樹的家人以及大宮支部的工作人員們也齊聚一堂。那時，細川被島委以特別的任務。那是關於京都支部“新幹線戰士Z 500回聲號”Z合體的重大任務……？
阿進駕駛“新幹線戰士Z E5隼號”戰鬥的事情被姐姐阿鯰和母親時知道了。為了讓她們理解自己所做的事，阿進邀請兩人參加橫川鐵道文化村的“車輛塗裝活動”。鐵道文化村裡，花火和大樹的家人以及大宮支部的工作人員們也齊聚一堂。那時，細川被島委以特別的任務。那是關於京都支部“新幹線戰士Z 500回聲號”Z合體的重大任務……？
第 18 集
巖流島決戰!阿進 VS 銀河!?
為了見到華麗登場的“新幹線戰士Z 500回聲號”的駕駛員嵐山銀河，阿進等人造訪了新幹線超進化研究所京都支部。銀河是所屬藝能事務所的研究生，作為偶像的苗子，是位散發著閃閃發光氛圍的異色少年！不知為何適合率下降，無精打采的阿進。看到這樣的他，銀河提出要由自己來擔任團隊新幹線戰士的“Center”，令阿進等人驚愕。
為了見到華麗登場的“新幹線戰士Z 500回聲號”的駕駛員嵐山銀河，阿進等人造訪了新幹線超進化研究所京都支部。銀河是所屬藝能事務所的研究生，作為偶像的苗子，是位散發著閃閃發光氛圍的異色少年！不知為何適合率下降，無精打采的阿進。看到這樣的他，銀河提出要由自己來擔任團隊新幹線戰士的“Center”，令阿進等人驚愕。
第 19 集
閃耀吧!大阪環狀線新五代頭
細川開發中的“載萊納 323大阪環狀線”接近完成。阿進等人開始在京都尋找Z程式碼，但由於“阿伯特的夢”這一線索消失了，連地點都毫無頭緒。銀河邀請疲憊不堪的阿進等人去看自己的演唱會。另一方面，終於與父親·鬥馳名再會的阿伯特，得知他正是黑暗新幹線戰士的開發者。並且，鬥馳名似乎有著重大的秘密……？
細川開發中的“載萊納 323大阪環狀線”接近完成。阿進等人開始在京都尋找Z程式碼，但由於“阿伯特的夢”這一線索消失了，連地點都毫無頭緒。銀河邀請疲憊不堪的阿進等人去看自己的演唱會。另一方面，終於與父親·鬥馳名再會的阿伯特，得知他正是黑暗新幹線戰士的開發者。並且，鬥馳名似乎有著重大的秘密……？
第 20 集
覺醒吧!山手之劍!!
決定在大宮支部召集所有駕駛員舉辦懇親會。但是，斯瑪特的樣子很奇怪。因為敬愛的阿伯特成為了敵人而受到打擊，斯瑪特似乎無意識地試圖封印與阿伯特相關的資料。為了讓斯瑪特恢復原狀，阿進前往位於橫川的阿伯特家。那時，因屢戰屢敗而戰士尊嚴受創的瓦爾德姆，賭上自己的一切，試圖與新幹線戰士做個了斷。
決定在大宮支部召集所有駕駛員舉辦懇親會。但是，斯瑪特的樣子很奇怪。因為敬愛的阿伯特成為了敵人而受到打擊，斯瑪特似乎無意識地試圖封印與阿伯特相關的資料。為了讓斯瑪特恢復原狀，阿進前往位於橫川的阿伯特家。那時，因屢戰屢敗而戰士尊嚴受創的瓦爾德姆，賭上自己的一切，試圖與新幹線戰士做個了斷。
第 21 集
閃耀吧!大阪環狀線新五代頭
細川開發中的“載萊納 323大阪環狀線”接近完成。阿進等人開始在京都尋找Z程式碼，但由於“阿伯特的夢”這一線索消失了，連地點都毫無頭緒。銀河邀請疲憊不堪的阿進等人去看自己的演唱會。另一方面，終於與父親·鬥馳名再會的阿伯特，得知他正是黑暗新幹線戰士的開發者。並且，鬥馳名似乎有著重大的秘密……？
細川開發中的“載萊納 323大阪環狀線”接近完成。阿進等人開始在京都尋找Z程式碼，但由於“阿伯特的夢”這一線索消失了，連地點都毫無頭緒。銀河邀請疲憊不堪的阿進等人去看自己的演唱會。另一方面，終於與父親·鬥馳名再會的阿伯特，得知他正是黑暗新幹線戰士的開發者。並且，鬥馳名似乎有著重大的秘密……？
第 22 集
逆襲的新幹線戰士Z 黃醫生號
正在舉辦“鐵道之日”相關活動的大宮鐵道博物館，阿伯特的母親·白雪到訪。從白雪那裡得到了給阿伯特的口信，阿進嘗試用各種方法與阿伯特取得聯絡。此時，同樣在摸索與阿伯特對話方法的島邀請阿進，阿進決定去參觀在名古屋支部進行的新型新幹線戰士的實際執行測試。究竟那個新幹線戰士是……？
正在舉辦“鐵道之日”相關活動的大宮鐵道博物館，阿伯特的母親·白雪到訪。從白雪那裡得到了給阿伯特的口信，阿進嘗試用各種方法與阿伯特取得聯絡。此時，同樣在摸索與阿伯特對話方法的島邀請阿進，阿進決定去參觀在名古屋支部進行的新型新幹線戰士的實際執行測試。究竟那個新幹線戰士是……？
第 23 集
地下決戰!黃醫生號 Z保線模式
在橫川的地下空間，阿進再次見到了駕駛黑暗新幹線戰士的阿伯特。阿進和斯瑪特拼命呼喊試圖與他對話，但得不到阿伯特的回應，並演變成了戰鬥。另一方面，在上野的地下空間，黃醫生號與坎納基對峙。坎納基留下“只要黑暗新幹線戰士存在，人類就無法阻止特奧提”的話語後消失，並開始介入E5與黑暗新幹線戰士的戰鬥。
在橫川的地下空間，阿進再次見到了駕駛黑暗新幹線戰士的阿伯特。阿進和斯瑪特拼命呼喊試圖與他對話，但得不到阿伯特的回應，並演變成了戰鬥。另一方面，在上野的地下空間，黃醫生號與坎納基對峙。坎納基留下“只要黑暗新幹線戰士存在，人類就無法阻止特奧提”的話語後消失，並開始介入E5與黑暗新幹線戰士的戰鬥。
第 24 集
青龍的歸來
為了獲得與阿伯特對話所需的強大實力，阿進希望作為新幹線戰士Z的駕駛員進一步成長。面對這樣的他，玄武引薦了一位自稱基度拉爾撒斯青龍的人物。據說是在過去的戰鬥中駕駛新幹線戰士，守護了地球的青龍。聽說他要親自指導修行，阿進等人充滿期待，但青龍的修行與阿進等人想象的完全不同……？
為了獲得與阿伯特對話所需的強大實力，阿進希望作為新幹線戰士Z的駕駛員進一步成長。面對這樣的他，玄武引薦了一位自稱基度拉爾撒斯青龍的人物。據說是在過去的戰鬥中駕駛新幹線戰士，守護了地球的青龍。聽說他要親自指導修行，阿進等人充滿期待，但青龍的修行與阿進等人想象的完全不同……？
第 25 集
SHIKOKU ROCK FESTIVAL
德島縣大步危，巖手縣遠野。在兩地發現了與妖怪淵源深厚的新地下空間，阿進興奮不已。緊接著，在大步危附近出現了形似子泣爺爺的巨大怪物體。恰逢此時，愛媛縣西條市花火的父親·種火等人正在為翌日的煙花大會做準備。超進化研究所被要求應對，但四國沒有新幹線戰士Z能夠行駛的線路。究竟，有沒有方法將E6小町號送入大步危……？
德島縣大步危，巖手縣遠野。在兩地發現了與妖怪淵源深厚的新地下空間，阿進興奮不已。緊接著，在大步危附近出現了形似子泣爺爺的巨大怪物體。恰逢此時，愛媛縣西條市花火的父親·種火等人正在為翌日的煙花大會做準備。超進化研究所被要求應對，但四國沒有新幹線戰士Z能夠行駛的線路。究竟，有沒有方法將E6小町號送入大步危……？
第 26 集
大樹與銀河鐵道的少女
為了調查在遠野發現的地下空間，大樹和大石前往當地。得知彼此都喜歡讀書而意氣相投的兩人，因為接下來要去的巖手縣是宮澤賢治的故鄉這一話題而熱烈討論。途中，在新幹線中小憩的大樹，做了一個與宮澤賢治《銀河鐵道之夜》的光景十分相似的夢。於是，夢中出現了一位金色頭髮的神秘少女，似乎要對大樹說些什麼。
為了調查在遠野發現的地下空間，大樹和大石前往當地。得知彼此都喜歡讀書而意氣相投的兩人，因為接下來要去的巖手縣是宮澤賢治的故鄉這一話題而熱烈討論。途中，在新幹線中小憩的大樹，做了一個與宮澤賢治《銀河鐵道之夜》的光景十分相似的夢。於是，夢中出現了一位金色頭髮的神秘少女，似乎要對大樹說些什麼。
第 27 集
威脅!瓦爾德姆的執念
團隊新幹線戰士即將加入新的力量。其名為，由E5隼號與黃醫生號進行的“超Z合體”。是超進化研究所傾盡全力開發的、擁有最高機體效能的機體。但是，要成功實現“超Z合體”，必須滿足駕駛員阿進和島風的適合率在96%以上，且兩人差距在0.1%以內的嚴苛條件。阿進和島風立刻開始為了配合彼此呼吸的特訓，但……？
團隊新幹線戰士即將加入新的力量。其名為，由E5隼號與黃醫生號進行的“超Z合體”。是超進化研究所傾盡全力開發的、擁有最高機體效能的機體。但是，要成功實現“超Z合體”，必須滿足駕駛員阿進和島風的適合率在96%以上，且兩人差距在0.1%以內的嚴苛條件。阿進和島風立刻開始為了配合彼此呼吸的特訓，但……？
第 28 集
交信吧!新幹線戰士Z H5隼號
阿進和島風努力進行“超Z合體”特訓的同時，回到北方之地的蒼玉，再次持續進行著沒有目標的、發向宇宙的定時通訊。因為得不到任何人的回覆，蒼玉考慮停止定時通訊。但是，在北海道有一名少女正在收聽他的無線電。她的名字是月野梅德爾。“新幹線戰士Z H5隼號”的駕駛員候補生·梅德爾，在某個人物的推動下，嘗試與蒼玉對話。
阿進和島風努力進行“超Z合體”特訓的同時，回到北方之地的蒼玉，再次持續進行著沒有目標的、發向宇宙的定時通訊。因為得不到任何人的回覆，蒼玉考慮停止定時通訊。但是，在北海道有一名少女正在收聽他的無線電。她的名字是月野梅德爾。“新幹線戰士Z H5隼號”的駕駛員候補生·梅德爾，在某個人物的推動下，嘗試與蒼玉對話。
第 29 集
特奧提動亂!急襲,黑暗新幹線戰士
被逼入絕境的瓦爾德姆殺害特奧提之王奪取了“王之力”，並擄走了目擊現場的塞多拉，逃往地球。得知此事的阿伯特，為了救出塞多拉而駕駛黑暗新幹線戰士緊急趕往地球。那時，在日本，福岡縣寶滿山落下不自然隕石的新聞成為了話題。前往當地調查的山東在那裡看到了阿伯特的身影，驚訝地試圖追上去。
被逼入絕境的瓦爾德姆殺害特奧提之王奪取了“王之力”，並擄走了目擊現場的塞多拉，逃往地球。得知此事的阿伯特，為了救出塞多拉而駕駛黑暗新幹線戰士緊急趕往地球。那時，在日本，福岡縣寶滿山落下不自然隕石的新聞成為了話題。前往當地調查的山東在那裡看到了阿伯特的身影，驚訝地試圖追上去。
第 30 集
超Z合體!新幹線戰士Z E5黃醫生號
在東京站中央迎擊系統的力場中，新幹線戰士Z們與黑暗新幹線戰士對峙。儘管阿進等人拼命呼喊，狀態異常的阿伯特卻不由分說地操控黑暗新幹線戰士襲來。戰鬥中，被憤怒與無力感吞沒的阿伯特，終於讓特雷蘭提亞爆炸了。父親·鬥馳名的祈禱也化為徒勞，擁有威脅力量的“黑暗新幹線戰士 惡魔模式”覺醒了……！
在東京站中央迎擊系統的力場中，新幹線戰士Z們與黑暗新幹線戰士對峙。儘管阿進等人拼命呼喊，狀態異常的阿伯特卻不由分說地操控黑暗新幹線戰士襲來。戰鬥中，被憤怒與無力感吞沒的阿伯特，終於讓特雷蘭提亞爆炸了。父親·鬥馳名的祈禱也化為徒勞，擁有威脅力量的“黑暗新幹線戰士 惡魔模式”覺醒了……！
第 31 集
獨家新聞!阿鯰的特訊最前線!
聖誕節將至。因在海外的工作告一段落，父親久違地即將歸來，新多家正以阿進為中心精心準備聖誕派對。此時，偶然與明野再會的阿鯰，為了獲得邁向記者夢想的建議而邀請明野喝茶。但是，反而被明野追問關於新幹線戰士Z的秘密……？
聖誕節將至。因在海外的工作告一段落，父親久違地即將歸來，新多家正以阿進為中心精心準備聖誕派對。此時，偶然與明野再會的阿鯰，為了獲得邁向記者夢想的建議而邀請明野喝茶。但是，反而被明野追問關於新幹線戰士Z的秘密……？
第 32 集
H5北斗 VS 瓦爾德 銀河的旅程
某夜，梅德爾正在收聽無線電時，伴隨著不可思議的聲音，不明飛行物體墜落下來。有著機車般外形的那個飛行物體，是過去新幹線戰士曾戰鬥並擊退過的機械兵器·瓦爾德。或許是長時間在宇宙徘徊的緣故，車體嚴重劣化。梅德爾認為瓦爾德持續發出的不可思議聲音具有某種意義。阿進和大樹也為了支援，駕駛E5隼號和E7光輝號前往北海道支部。
某夜，梅德爾正在收聽無線電時，伴隨著不可思議的聲音，不明飛行物體墜落下來。有著機車般外形的那個飛行物體，是過去新幹線戰士曾戰鬥並擊退過的機械兵器·瓦爾德。或許是長時間在宇宙徘徊的緣故，車體嚴重劣化。梅德爾認為瓦爾德持續發出的不可思議聲音具有某種意義。阿進和大樹也為了支援，駕駛E5隼號和E7光輝號前往北海道支部。
第 33 集
傳說中的駕駛員!速杉隼人
根據塞多拉帶來的情報，確認了特奧提的大本營“尤格司比亞”位於宇宙，阿進等人意氣風發。恰在此時，曾駕駛“新幹線戰士 E5隼號”拯救日本的傳說駕駛員·速杉隼人從英國回來了。受隼人邀請，阿進、花火、大樹帶著塞多拉去進行新年參拜。但是，隼人的目的似乎與普通的新年參拜略有不同……？
根據塞多拉帶來的情報，確認了特奧提的大本營“尤格司比亞”位於宇宙，阿進等人意氣風發。恰在此時，曾駕駛“新幹線戰士 E5隼號”拯救日本的傳說駕駛員·速杉隼人從英國回來了。受隼人邀請，阿進、花火、大樹帶著塞多拉去進行新年參拜。但是，隼人的目的似乎與普通的新年參拜略有不同……？
第 34 集
銀河特快 E5
聽說能前往位於宇宙的特奧提大本營，阿進等人前往鹿兒島縣的櫻島。那裡有超進化研究所的實驗線路，據說能將新幹線戰士Z發射到宇宙。發射時機在46小時後。並且，一次能運往宇宙的新幹線戰士Z只有一編組。為了與阿伯特對話，也為了探尋與特奧提共存的道路，前往發射的倒計時開始了……！
聽說能前往位於宇宙的特奧提大本營，阿進等人前往鹿兒島縣的櫻島。那裡有超進化研究所的實驗線路，據說能將新幹線戰士Z發射到宇宙。發射時機在46小時後。並且，一次能運往宇宙的新幹線戰士Z只有一編組。為了與阿伯特對話，也為了探尋與特奧提共存的道路，前往發射的倒計時開始了……！
第 35 集
鬥馳名的過去
被黑暗新幹線戰士擊敗、在宇宙漂流的E5隼號，被特奧提的戰士們回收了。一方面為阿進的平安感到高興，另一方面又對原本應是敵人的特奧提出手相助感到不可思議的山東等人。此時，阿伯特的父親·鬥馳名出現了。阿進追問鬥馳名為何要製造黑暗新幹線戰士。鬥馳名給阿進看了一張照片，開始向阿進講述自己在地球度過的日子。
被黑暗新幹線戰士擊敗、在宇宙漂流的E5隼號，被特奧提的戰士們回收了。一方面為阿進的平安感到高興，另一方面又對原本應是敵人的特奧提出手相助感到不可思議的山東等人。此時，阿伯特的父親·鬥馳名出現了。阿進追問鬥馳名為何要製造黑暗新幹線戰士。鬥馳名給阿進看了一張照片，開始向阿進講述自己在地球度過的日子。
第 36 集
了結!!阿進與阿伯特
在駕駛員們以及特奧提人民的守望中，E5隼號與黑暗新幹線戰士惡魔模式激烈衝突。為了完全接受阿伯特的心意，阿進選擇了決死的戰法。那時，從地球向宇宙發射了“載萊納 E235山手號”。但是，在尤格司比亞無法啟動載萊納。究竟能否完成Z合體……！？
在駕駛員們以及特奧提人民的守望中，E5隼號與黑暗新幹線戰士惡魔模式激烈衝突。為了完全接受阿伯特的心意，阿進選擇了決死的戰法。那時，從地球向宇宙發射了“載萊納 E235山手號”。但是，在尤格司比亞無法啟動載萊納。究竟能否完成Z合體……！？
第 37 集
超進化!黑暗新幹線戰士
回到橫川家中的阿伯特，等待他的是請假期間堆積如山的作業。在阿進和斯瑪特的幫助下，阿伯特以猛烈的勢頭完成作業。他們為了尋找暑假自由研究的主題，前往碓冰峠鐵道文化村。另一方面，在大宮支部，對回收的黑暗新幹線戰士的解析正在進行。解析的結果表明，黑暗新幹線戰士內部被編入了可怕的“迴路”……！
回到橫川家中的阿伯特，等待他的是請假期間堆積如山的作業。在阿進和斯瑪特的幫助下，阿伯特以猛烈的勢頭完成作業。他們為了尋找暑假自由研究的主題，前往碓冰峠鐵道文化村。另一方面，在大宮支部，對回收的黑暗新幹線戰士的解析正在進行。解析的結果表明，黑暗新幹線戰士內部被編入了可怕的“迴路”……！
第 38 集
完全制霸!新幹線收集者
某天，正在操作斯瑪特的阿伯特突然大叫起來。聽說斯瑪特和駕駛員們的Z齒輪裡，安裝了一個會自動記錄到訪車站的“新幹線收集者”應用，在阿伯特不知道的時候，已經接近完全制霸了。剩下的只有包含阿伯特式區間的靜岡縣·大井川鐵道的各站。阿伯特幹勁十足地表示“最後要靠自己的雙腳記錄”，阿進和斯瑪特也一同享受了前往當地的旅行。
某天，正在操作斯瑪特的阿伯特突然大叫起來。聽說斯瑪特和駕駛員們的Z齒輪裡，安裝了一個會自動記錄到訪車站的“新幹線收集者”應用，在阿伯特不知道的時候，已經接近完全制霸了。剩下的只有包含阿伯特式區間的靜岡縣·大井川鐵道的各站。阿伯特幹勁十足地表示“最後要靠自己的雙腳記錄”，阿進和斯瑪特也一同享受了前往當地的旅行。
第 39 集
坎納基 VS 黑暗新幹線戰士 阿布索魯特
因突然出現的謎之流體，坎納基被吞噬到地底，阿進等人說不出話。同一時間，由於瓦爾德姆的策略，黑色晶石被一齊破壞，全國各地也出現了謎之流體。是黑色晶石所封印的破壞神·阿拉巴吉復活了嗎？被吞噬的坎納基是否平安？為了應對急轉直下的事態，新幹線戰士Z各機體緊急趕往全國各地。
因突然出現的謎之流體，坎納基被吞噬到地底，阿進等人說不出話。同一時間，由於瓦爾德姆的策略，黑色晶石被一齊破壞，全國各地也出現了謎之流體。是黑色晶石所封印的破壞神·阿拉巴吉復活了嗎？被吞噬的坎納基是否平安？為了應對急轉直下的事態，新幹線戰士Z各機體緊急趕往全國各地。
第 40 集
復活!!破壞神阿拉巴吉
因使用禁斷的特奧提程式碼而註定戰鬥至死的宿命，坎納基化為失控的暴走狀態。阿伯特再次應戰，但坎納基的力量連黑暗新幹線戰士阿布索魯特都能壓制。與此同時，出現在全國各地的謎之流體陸續集結到富士山地底。最終所有的流體合為一體，破壞神·阿拉巴吉取回了真正的姿態……！
因使用禁斷的特奧提程式碼而註定戰鬥至死的宿命，坎納基化為失控的暴走狀態。阿伯特再次應戰，但坎納基的力量連黑暗新幹線戰士阿布索魯特都能壓制。與此同時，出現在全國各地的謎之流體陸續集結到富士山地底。最終所有的流體合為一體，破壞神·阿拉巴吉取回了真正的姿態……！
第 41 集
可能性無限大!
阿進等人發現阿拉巴吉的弱點是鹽，在富士山地底展開最後的決戰。為了從前所未有的敵人手中守護星球，人類、基度拉爾撒斯、特奧提攜手合作。當所有的“軌道”連線在一起時，最終的絕招“雙重Z合體”發動！新幹線戰士Z，最後的出發前進！
阿進等人發現阿拉巴吉的弱點是鹽，在富士山地底展開最後的決戰。為了從前所未有的敵人手中守護星球，人類、基度拉爾撒斯、特奧提攜手合作。當所有的“軌道”連線在一起時，最終的絕招“雙重Z合體”發動！新幹線戰士Z，最後的出發前進！
